适用本罪应注意区分罪与非罪的界限。

有些商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构为了扩大业务，不向主管机关申报而擅自设立营业网点，增设分支机构，或者虽向主管机关申报，在主管机关未批准前就擅自设立分支机构进行营业活动，这些行为都是违法的，但是这种商业银行或者其他金融机构擅自设立分支机构的行为与擅自设立商业银行或者其他金融机构行为在性质上是不同的。因此，对商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构擅自设立分支机构的行为不能作为犯罪处理。