(一)本罪与非罪的界限

依《刑法》第一百四十七条之规定，生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，只有使生产遭受较大损失的，才构成本罪。如果没有使生产遭受较大损失的，就不构成本罪。另外，行为人生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，虽没有使生产遭受较大损失的，但销售数额在五万元以上的，应按生产、销售伪劣产品罪定罪处罚。

(二)数额在五万元以上的，依照生产、销售伪劣产品罪的规定处罚

生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，构成生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子罪，同时又构成生产、销售伪劣产品罪的，依照处罚较重的规定处罚。

(三)本罪与破坏生产经营罪的界限

认定本罪要注意与破坏生产经营罪的区别。其主要是：

(1)本罪一般是出于非法牟利的目的，后罪则是出于泄愤报复或者其他个人目的;

(2)本罪在客观方面一现为生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子并使生产遭受较大损失的行为。行为与结果之间并非直接相连，而是通过消费者购买并使之罪，依其情节分别承担以下刑事责任：

生产假农药和假兽药、假化肥，销售明知是假的或者失去使用效能农药以及兽药、化肥、种子，或者生产者及其销售者以不合格的农药、兽药、化肥及种子冒充合格的农药、兽药、化肥与种子，便生产遭受较大损失，处罚三年以下有期徒刑或者拘役，并且处或者单处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金;

使生产遭受重大损失的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处销售金额百分之五十以上2倍以下罚金;

使生产遭受特别重大损失的，处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处销售金额百受重大损失的，处于三年以上七年以下有期徒刑，并处罚销售金额百分之五十以上二倍以下罚金;使的生产遭受特别重大损失的，处7年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚销售金额百分之五十以上二倍以下罚金或者没收财产。

第一百四十九条生产、销售本节第一百四十一条至第一百四十八条所列产品，不构成各该条规定犯罪，但是销售金额在5万元以上的，依照本节第一百四十条的规定定罪处罚。生产、销售本节第一百四十一条至第一百四十种植材料或者繁殖材料，包括籽粒、果实和根、茎、苗、芽、叶等。

第五十九条违反本法规定，生产、经营假、劣种子的，由县级以上人民政府农业、林业行政主管部门或者工商行政管理机关责令停止生产、经营，没收种子和违法所得，吊销种子生产许可证、种子经营许可证或者营业执照，并处以罚款;有违法所得的，处以违法所得五倍以上十倍以下罚款;没有违法所得的，处以二千元以上五万元以下罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。

第六十条违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上的。