(一)罪与非罪 虽然非法制造、买卖、运输、储存危险物质没有情节严重才构成犯罪的规定，但是，并非一经实施了非法买卖、运输、储存危险物质的行为，就无例外地构成犯罪，对于情节显著轻微的非法买卖、运输、储存危险物质的行为，不宜按犯罪论处。应当指出的是，本条规定的“非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质”的主体是依照国家规定不具备制造、买卖、运输、储存上述物质资格的自然人或者单位。区分罪与非罪的界限是看其行为是否危害公共安全。这是考虑到有的毒害性物质涉及范围很广，如日常生活中民间使用相当广泛的灭鼠药等。实践中，未经批准少量制造用以灭鼠虽属非法，但不一定危害公共安全。其中，情节显著轻微危害不大的，可适用《刑法》第十三条的规定，不以犯罪处理。考虑到有的毒害性物质范围很广，如日常生活中民间使用相当广泛的老鼠药等。不具备制造资格的自然人或者单位少量制造用以灭鼠虽属非法，但也不一定危害公共安全。因此，不一定要定罪处罚。可适用刑法第十三条的规定，以情节显著轻微危害不大，不认为是犯罪处理。

(二)非法制造、买卖、运输、储存危险物质罪与危险物品肇事罪、传染病菌种、毒种扩散罪的区分 非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪与危险物品肇事罪、传染病菌种、毒种扩散罪等的主要区别在于犯罪主观方面不同。非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的主体是依照国家规定不具备制造、买卖、运输、储存上述物质资格的自然人或者单位，主观上表现为故意犯罪。危险物品肇事罪、传染病菌种、毒种扩散罪的主体是依照国家规定取得制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质资格的人或单位，主观上表现为过失犯罪。如医疗、科研教学和生产厂家，如果在生产、储存、运输、使用中违反管理规定，发生重大事故造成严重后果，不构成非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪，而应依照刑法第一百三十六条危险物品肇事罪、第三百三十一条传染病菌种、毒种扩散罪追究刑事责任。

(三)非法制造、买卖、运输、储存危险物质罪与走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的界限 走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪是指违反海关法规，逃避海关监管、非法运输、携带、邮寄毒害性、放射性、传染病病原体等物质进出国(边)境的行为。两者在客观行为方式及行为对象上有相似之处，但也有明显区别，

(1)侵犯的客体不同。本罪侵犯的客体是公共安全和国家对毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的管理制度;走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪侵犯的客体是国家对毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的对外贸易管制。

(2)客观方面不同。本罪表现为非法制造、买卖、运输、邮寄、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的行为，其中的买卖、运输、邮寄必须是在境内非法买卖、运输、邮寄上述物品;走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪在客观方面表现为违反海关法规，逃避海关监管，运输、携带毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪出国(边)境的行为。为走私而违反我国的对外贸易管制，逃避海关监管或边防检查，非法运输毒害性、放射性、传染病病原体等物质进出国(边)境的，则构成走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪。

(3)主观故意不同。如果明知是走私进口的毒害性、放射性、传染病病原体等物质而直接向走私人购买，或者明知是走私人购买毒害性、放射性、传染病病原体等物质进行走私出口而卖给走私人毒害性、放射性、传染病病原体等物质，或者在内海、领海收购、贩卖毒害性、放射性、传染病病原体等物质，没有合法证明的，则不构成本罪，应以走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪论处。